En el Departamento de Oceanografía Física se realiza investigación científica acerca del medio marino y su interacción con la atmósfera, mediante proyectos desarrollados por miembros del personal académico. Los estudios que se llevan a cabo se enfocan en la física del océano en general, y de los mares mexicanos en particular, con la finalidad de generar conocimiento científico original y de alta calidad. En conjunto con las labores académicas, la misión del Departamento es promover la formación de recursos humanos a través de los posgrados de Maestría y Doctorado en Oceanografía Física, así como en la dirección de tesis de licenciatura. Se ofrecen además servicios básicos acerca del nivel del mar, el pronóstico meteorológico, entre otros, además de divulgar información científica a la comunidad en general.